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El mandato de la Comisión era triple. En primer lugar, describir cómo funcionaba el
sistema represivo, sus antecedentes y circunstancias. Segundo, dar cuenta de cada uno de los
muertos y desaparecidos. ¿Por qué estos crímenes y no los demás? Porque el gobierno militar
nunca negó los casos de exilio y prisión, pero sí negó que hubiera muertos y desaparecidos.
Estas últimas formas de violación de los derechos humanos eran, a la vez, las más graves. La
Comisión investigó también la tortura, una práctica que el régimen militar negaba, pero la
describió como un fenómeno, sin tomar decisiones acerca de las acusaciones individuales,
porque hubiera sido imposible juzgar todos los reclamos de manera satisfactoria. Además, la
Comisión dio cuenta de los crímenes que cometieron grupos de oposición. Si bien muchos
opinan que estos crímenes no pueden ser conceptualizados como violaciones de derechos
humanos, ellos son, al menos, similares en naturaleza, puesto que violan las reglas básicas del
comportamiento humanitario, el cual debe ser respetado no sólo por aquellos que tienen el
poder sino también por aquellos que aspiran a él. El tercer aspecto del mandato de la
Comisión fue proponer medidas de reparación y prevención. Con tal fin, la Comisión recabó
la opinión de gran número de organizaciones sociales, religiosas y políticas chilenas, además
de recurrir a la experiencia de las organizaciones de derechos humanos, tanto en Chile como
en el extranjero.
Durante nueve meses de trabajo, con un equipo de sesenta personas, la Comisión
analizó más de 4.000 denuncias provenientes de todo el país, escuchó a los familiares y a
incontables testigos. La documentación accesible era por lo general abundante y sólida, en
especial la de la Vicaría de la Solidaridad, la organización de derechos humanos más respetada
de Chile. La Comisión tuvo acceso a documentos oficiales, entre ellos informes de autopsias
y transcripciones de investigaciones judiciales pasadas que, si bien, en general, no habían
llegado a término, así y todo proporcionaron informaciones útiles. Además, la Comisión
escuchó los testimonios de militares y carabineros retirados, y aun ex funcionarios de la
policía secreta del régimen. Por intermedio de las embajadas de Chile, recibió las
declaraciones juradas de testigos residentes en el exterior. En cada caso, a la rama de las
fuerzas armadas o carabineros que aparecía implicada se le pidió sus observaciones. Aunque
hubo respuestas a casi todas las solicitudes, fueron escasas las que traían contenido útil.
Entre todos los casos que se analizó, unos 3.000 cabían dentro del mandato de la
Comisión. De este total, en 2.025 casos la Comisión declaró que se trataba de víctimas fatales
de violaciones de los derechos humanos cometidas por agentes del Estado; 90 fueron víctimas
mortales de grupos de oposición violentos; y 164 fueron víctimas mortales de la violencia
política de alguno de los dos bandos, que no fue posible caracterizar con claridad como
violación de los derechos humanos. En otros 614 casos, la Comisión no pudo llegar a una
conclusión definitiva, por falta de pruebas suficientes, y recomendó medidas dirigidas a
proseguir las investigaciones respectivas.
En febrero de 1991, la Comisión presentó un informe de 1.800 páginas, que contenía
su decisión relativa a cada uno de los casos por separado; varios capítulos de antecedentes
históricos, políticos y jurídicos; y una sección pormenorizada de recomendaciones, tanto para
la reparación como para la prevención. En el informe se proponía pensiones para las familias
de los muertos y desaparecidos, otras medidas de asistencia y recomendaciones destinadas a
conmemorar los acontecimientos y honrar a las víctimas. Además, se sugería reformas
